공룡과 지배파충류(Archosaurs)

공룡은 트라이아스기에 지배파충류(Archosaurs)로부터 진화하였다. 그리스어로 지배하는 도마뱀을 뜻하는 지배파충류는 트라이아스기 초기에 Archosauriform 선조로부터 맨 처음 진화한 이궁형 파충류 무리이다. 지배 파충류는 턱뼈의 치조(socket) 속에 이빨이 있는 조치(socketed teeth)와 4개의 심실을 가진다. 이 조치에서 전통적인 이름인 조치류(thecodonts)라는 말이 만들어졌다. 가장 초기의 지배파충류는 좁은 톱니 모양이 있는 이빨을 가진 육식 동물이었다. 그들의 이런 “파충류로의” 변화는, 동시대에 살았었던 포유류형 파충류인 수궁류에 비해 초대륙 판게아의 강렬한 몬순 기후와 건조한 오지에서 거침없는 장점으로 작용했었던 것으로 생각된다. 하지만 트라이아스기가 오기까지 페름기는 단궁류에 의해 지배되고 있었다.
지배 파충류에는 두 가지의 초기 그룹이 있다. Ornithodira는 트라이아스기 중기까지는 별로 영향력이 없었지만, 트라이아스기 후기에는 공룡과 익룡으로 진화하였다. Crurotarsi는 이 당시에 널리 번성한 무리로, 악어의 조상뿐만 아니라 피토사우루스류(phytosaurs)와 초식성의 아에토사우루스류(aetosaurs), 라우이수키안(rauisuchians)을 포함한다.
많은 수의 지배 파충류 무리가 트라이아스기와 쥐라기의 절멸 사건 때인 1억 9500만 년 전에 절멸하였다. 주로 이전의 분기학 서적에서는 조치류(thecodonts)라고 불렀던 거대한 Crurotarsi였다. 반면에 Ornithodira에 속하는 공룡과 익룡, 그리고 Crurotarsi에 속하는 악어의 선조인 Sphenosuchia와 Protosuchia는 무사히 살아남았다. 이들은 쥐라기와 백악기까지 번성하였다. 공룡은 땅을 지배하였고, 익룡과 (또 다른 지배 파충류 무리인) 조류가 하늘을 지배하였으며, 악어는 강과 늪지를 지배하였다. 따라서 이 시대는 지배 파충류가 완전히 점하고 있어서, 중생대는 파충류의 시대가 아니라 지배 파충류의 시대였다.
이 분기군의 상당수가 백악기 말기의 절멸 사건에 타격을 받았다. 제3기까지 그리고 최후의 오늘날까지 살아남은 지배 파충류 무리는 단지 공룡의 후손인 조류와 악어류(오늘날의 크로커다일, 앨리게이터, 가리알)뿐이다.
조류는 전통적으로 조류강으로 분리되어 취급되었지만, 지배 파충류의 일부로 여겨 파충강 내의 조룡아강이나 조룡하강으로 최급된다. 더욱 최근에는 생물학적 분기법을 사용하여 조류를 단지 단일 문(phylum)으로 보는 것이 타당하다고 여겨 Archosauria 내에 포함시킨다.